Подземная подводная разработка осуществляется из подземных горных выработок, расположенных под толщей пород, находящихся на дне океана или моря. Если изученность ресурсов поверхности шельфа составляет 5%, то изучение ресурсов недр Земли, покрытых Мировым океаном, практически только начато за исключением оценок нефте- и газоносности.
Подземная подводная добыча практически известна только с конца XIX века. Еще раньше делались попытки отрабатывать оловянное месторождение в Корнуоле, но море затопило подземные выработки.
Подземная добыча из-под коренных месторождений под морским дном по методам выемки угля и руд полезного ископаемого мало чем отличается от добычи на суше. Особенностью отработки таких месторождений является способ вскрытия. На большинстве шахт стволы закладываются на суше, но такие шахты имеют откаточные выработки большой протяженности. Для повышения эффективности подземной разработки применяют вскрытие шахтных полей стволами с искусственно созданных островов (например, шахта «Майке», Япония). На шахтах применяются системы разработки с закладкой при оставлении целиков над очистным пространством не менее 65—80 м. Проветривание морских шахт затруднено из-за необходимости применения центральной вентиляции при большой длине вентиляционных путей.
В настоящее время известны 57 морских угольных шахт в Японии, Великобритании (10% общей добычи), Турции, на Тайване. Кроме того, в Финляндии и Канаде эксплуатируются две железорудные шахты, в Англии прииск Корнуол (олово), а в СССР этим способом добывается олово. Наиболее перспективны залежи при вскрытии стволами и скважинами, пройденными через водную толщу. Примером такого способа является добыча из-под дна Мексиканского залива. Но наибольший объем подземной добычи с использованием скважин приходится на морскую добычу нефти и газа из недр Мирового океана. Если в 1966 г. на морских промыслах было добыто около 100 млн. т нефти, а в 1968 г. уже около 300 млн. т, то в 1972 г. размеры морской добычи превысили 18% общего объема во всем мире.
В последние годы 40 государств добывали или проводили подготовку к добыче минеральных ресурсов шельфа, около 100 проводили поиск нефти и газа на шельфе. Запасы нефти в морских месторождениях оцениваются 60—150 млрд. т. Американский геолог Л. Дж. Уикс оценивает запасы нефти в недрах шельфа (до глубины моря 300 м) в 106,7 млрд. т (против 202,5 млрд. т на Суше). Наши ученые считают, что не менее 60% всех запасов нефти и газа располагаются в морских недрах шельфа. Со дна Каспийского моря уже добыто свыше 160 млн. т нефти, а поиски проводятся на перспективных акваториях национального шельфа площадью 2,2 млн. км. Добыча проводится или со специально созданных островов или с эстакад типа известных Нефтяных Камней, или с плавучих платформ различной конструкции.